De game volgt Harry en zijn vrienden in hun zoektocht naar de Half-Blood Prince. Deze prins heeft een belangrijk toverboek geschreven. Tijdens de reis zullen er weer diverse duels, complottheorieën en liefdesdriehoeken voorbijkomen. Er moet bovendien nog een zwerkbal cup gewonnen worden. In 'Harry Potter en de Halfbloed Prins' verstevigt Voldemort zijn greep op de wereld van de Dreuzels en op die van de tovenaars. Zelfs Zweinstein is niet langer veilig! Harry vermoedt dat de dreiging zich ook in het kasteel zelf bevindt, maar Perkamentus is er meer op gebrand Harry klaar te stomen voor het snel naderende laatste gevecht. Samen proberen ze erachter te komen hoe Voldemort zichzelf beschermt en hiervoor rekruteert Perkamentus een oude vriend en collega, professor Hildebrand Slakhoorn. Perkamentus gelooft dat deze niets vermoedende levensgenieter die netwerken tot een kunst heeft verheven, cruciale informatie bezit. Ondertussen kampen de leerlingen van Zweinstein met hun opspelende hormonen die het leven ineens een stuk ingewikkelder maken. Harry voelt zich steeds meer aangetrokken tot Ginny, maar helaas koestert Daan Tomas dezelfde gevoelens. Belinda Broom heeft besloten dat Ron de ware voor haar is, maar geen rekening gehouden met de chocolaatjes van Regina Valster! Dan is er ook nog Hermelien die groen ziet van jaloezie en vastbesloten is haar gevoelens niet te tonen. Eén leerling houdt zich verre van alle liefdesperikelen. Hij is vastberaden en wil een teken achterlaten, hoewel het een duister teken zal zijn. Ondanks het feit dat er liefde in de lucht hangt, stevent Zweinstein af op een grote tragedie waardoor de school nooit meer hetzelfde zal zijn.